Microbiologie médicale

L’identification des champignons et des parasites est effectuée quotidiennement et assure notre vaste expérience. En coopération avec le département de diagnostic moléculaire, même les isolats difficiles et atypiques sont identifiés dans un délai très court grâce au séquençage de l’ADNr 16S. Les tests de résistance jouent un rôle essentiel pour nous et sont basés sur les directives EUCAST les plus récentes. Nous proposons des antibiogrammes cliniquement pertinents, tant pour les patients hospitalisés que pour les patients ambulatoires, que nous complétons lorsque cela est indiqué par la détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI).

Spectre d’analyses

Bactériologie et mycologie classiques et culturelles

• Bactériologie générale à partir de différents échantillons, y compris LCR, d’échantillons de tissus, de ponctions
• Mycoplasmes/Uréaplasmes
• Détection de bactéries spéciales selon les indications, par exemple culture de Helicobacter pylori avec test de résistance.
• Champignons (levures et moisissures, y compris dermatophytes)

Détection d’antigènes

• Détection de Clostridium difficile et de toxines (selles)
• Legionella pneumophila (urine)
• Streptococcus pneumoniae (urine)
• Rota et adénovirus (selles)

Microscopie

• Ectoparasites
• Protozoaires, helminthes
• État des urines et des selles

Agents pathogènes détectés par biologie moléculaire

• Mycobacterium tuberculosis
• Uréaplasmes et mycoplasmes
• Chlamydia
• Legionella
• Bordetella

Les cultures et les antibiogrammes des mycobactéries sont réalisés au Centre national de référence des mycobactéries (NZM).

Test de résistance

L’indication d’un test de résistance dépend du type et de l’importance de l’isolat. La faisabilité technique des tests de résistance dépend essentiellement de l’isolat. Si le test est réalisable, le résultat peut être caractérisé comme résistant (R), intermédiaire (I) ou sensible (S) si des directives d’interprétation sont disponibles.
Nous nous orientons aux normes de la Société européenne de microbiologie et d’infectiologie cliniques (EUCAST: European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing).

Dans certains cas, nous nous référons au CLSI américain (Clinical Laboratory Standards Institute, anciennement NCCLS), à des informations de la littérature ou de fabricants d’antibiotiques.

Les besoins du secteur ambulatoire et du secteur hospitalier ont été pris en compte lors de la sélection des substances testées. Outre les représentants typiques des groupes de substances importants pour la détection des phénotypes de résistance, les antibiotiques administrés par voie orale sont privilégiés. Les recommandations EUCAST ainsi que la disponibilité des préparations sur le marché suisse sont d’autres critères de sélection.